교육계는 우선 광역 시/도 교육감을 시/도지사가 임명하는 안에 대해 이는 교육자치의 취지에서 종전보다 오히려 후퇴한 것이라며 거부감을 나타내고 있다. 즉 교육감을 특정 당 소속 시/도지사가 임명할 경우 교육의 자주성, 전문성, 중립성이 훼손되고 교육이 일반행정에 예속되거나 정치논리에 함몰되는 양상이 초래될 것이라는 우려다.

 현재도 지방세 수입의 일부를 시/도교육청에 전입토록 법으로 규정하고 있지만 이조차 제대로 시행되지 않는 마당에 교육에 대한 투자가 재정운용의 순위에서 지금보다 뒤로 밀려날 소지가 있다는 지적이다.

 더욱이 광역교육자치단체가 교육부나 완전자치제로 운용될 기초교육자치단체와의 종적인 연계성이 떨어져 교육이 일관성 없이 「교육부 따로, 시/도 따로, 시/군/구 따로」 시행되는 우스꽝스런 형국이 전개될 것이라는 목소리도 나오고 있다.

 기초교육자치에 대해서는 교육계 안팎에서의 논란이 더욱 거세다.

 위원회가 제시한 방안은 현행 180개 시/군/구 교육청을 69개로 줄여 교육감과 새로 설치되는 교육위원회에 유치원 및 초/중/고교 관할, 교원 전보/휴직 등 인사권을 부여하고 일반 행정구역과 구역획정이 달라지는 점을 고려해 특별지방자치단체로 지정한다는 것.

 지금까지 시험되지 않은 특별지방자치단체의 개념을 하필 「교육」에 도입해야 하느냐는 논란은 차치하고라도 당장 일반행정과의 연계성이 없어져 기초자치단체의 무관심과 무책임성을 확대^심화시킬 것이라는 지적이 제기되고 있다.

 서너개 시/군/구를 묶어 하나의 교육구를 만든다면, 이에 대응하는 지자체가 존재하지 않는데 어느 시장/군수/구청장이 기초의회도 아닌 교육위원회가 결정한 교육분야에 행정적^재정적 지원을 하겠느냐는 것이다.

 같은 시/도에 여러 교육청이 설치됨으로써 한 사안에 대해 서로 다른 정책이 나왔을 때 혼란이 발생, 이를 또다시 조정해야 하는 등의 행정력 낭비나 부작용이 초래될 것이라는 우려도 나오고 있다.

 한편 교육부는 위원회 개선방안을 토대로 공론화과정에서 제기된 문제점을 수용, 입법화한다는 방침이지만 관련 단체나 학계의 의견대립이 첨예한 상태여서 적지않은 진통을 겪을 것으로 보인다.

 따라서 교육구의 광역화는 현재 진행되고 있는 일반 행정구역 또는 국회의원 선거구의 개편작업과 궤를 같이하는 것이 바람직하다는 대안이 제시되고 있다.

 이와 함께 기초교육자치단체의 교육감과 교육위원을 주민 직선에 의해 일반 주민 중에서 선발한다는 방안에 대한 반론도 만만치 않다.

 광역 및 기초의회 의원선거도 주민 무관심으로 폐지론이 일고 있는 마당에 누가 생소한 교육감이나 교육위원 선거에 관심을 갖겠느냐는 것.

 이로 인해 정치색이 짙거나 자격미달 후보가 난립할 수도 있고 불법^부정선거에 시달릴 것이라는 관측이 적지 않다.