SK하이닉스가 법인지방소득세 공제분을 환급해달라며 이천시와 성남 분당구를 상대로 제기한 소송 2심에서 승소했다.

행정청이 2014년 지방세법 개정 전 조세특례제한법에 따라 깎아줘야 할 세금을 공제해주지 않았다는 것이다.

수원고등법원 제1행정부(재판장 이광만)는 지난달 10일 SK하이닉스가 이천시장과 분당구청장을 상대로 제기한 법인지방소득세 경정거부처분 취소소송 항소심에서 SK하이닉스 승소 판결을 내렸다. 이는 1심 판결을 뒤집은 것이다.

앞서 SK하이닉스는 SK그룹에 인수되기 전인 2009년 사업연도부터 2013년 사업연도까지 실적 악화로 법인세가 최저한세액에 미치지 못했다. 이에 따라 연구비 등으로 지출한 비용에 대한 세액공제 또한 받지 못했다. 조세특례제한법은 연구비·인력개발비 등으로 지출한 비용을 공제해 줄 수 있도록 했는데, 같은법 144조는 공제액을 과세연도 개시일부터 5년 이내에 이월할 수 있도록 했다.

이에 따라 SK하이닉스는 2014년부터 2017년까지 공제비용을 제외한 법인지방세를 낼 수도 있었으나, 2014년 지방세법이 개정되면서 과세표준에 따른 세금을 냈다.

그러면서 공제받았어야 할 세금을 모두 납부했다는 게 SK하이닉스의 주장이다. 이 금액만 이천시 400억여원, 분당구 20억여원 수준으로 알려졌다.

이에 SK하이닉스는 2018년 10월 이천시와 분당구를 상대로 세액을 돌려달라고 환급 신청을 했으나, 거부당하자 11월 '법인지방소득세 경정거부처분 취소소송'을 제기했다.

쟁점은 2014년 지방세법 개정 후 법인지방세가 독립 세목으로 편성되면서, 기존 구법이 공제했던 세금을 그대로 인용할 수 있는지다.

1심 재판부는 지난해 9월 SK하이닉스의 청구를 모두 기각하고 이천시와 분당구의 손을 들어줬다.

그러나 2심 재판부는 하이닉스 측의 청구를 인용해야 한다며 1심판결을 취소하고 이천시와 분당구의 '법인지방소득세 경정거부처분'을 취소해야 한다고 판단했다.

재판부는 “(지방세법 부칙 15조는) 법령이 개정된 경우 일정한 요건 하에 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위해 종전 규정이 적용되도록 하는 특별규정으로서 기능하게 된다”며 “원고(SK하이닉스)는 5년간 이월 세액공제가 적용돼 법인세 및 법인지방세가 감면될 것이라는 점을 신뢰해 연구비 등을 지출했다. 이에 원고의 경정청구를 거부한 이 사건 각 처분은 위법하다”고 판시했다.

한편, 이천시와 분당구는 2심 재판 결과에 불복해 지난달 말 대법원에 상고장을 제출한 상태다.

/홍성용·김중래 기자 jlcomet@incheonilbo.com

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